大多數幼兒川崎病是能夠治好的，可以完全康復，不遺留任何後遺症。實現這種預後，要求患兒在犯病後的十天內，得到及時診斷和治療。一旦沒有得到及時診斷和治療，就可能出現併發症，尤其是心臟的併發症，遺留冠狀動脈瘤或者冠狀動脈狹窄、心功能不全等問題。幼兒川崎病在早期的治療包括應用阿司匹林、免疫球蛋白，必要的時候還可以應用糖皮質激素。