先天性心臟病的因素是非常多的，可以分為內在因素和外在因素。內在因素主要與遺傳有一定的關係，可能與染色體的異常以及多基因的突變有關係。外在性的因素最常見的就是宮內感染，特別是媽媽在懷孕期間有病毒感染，接觸了放射線，化學物質，服用了抗癲癇，抗腫瘤及抗代謝類藥物，宮內窒息缺氧等都可能誘發先天性心臟病的發生。