法洛四聯症常見的不良併發症，主要包括腦血管意外，因為機體長期乏氧出現繼發性的紅細胞增多，血黏稠度增高，血流滯緩而增加腦梗死的幾率。由於異常通道，血流動力學改變，贅生物形成，易引發亞急性的感染性心內膜炎。先天性的肺動脈發育不良，肺靜脈迴流不暢，容易繼發肺部感染。同時長期的容量負荷過重，導致患者出現心力衰竭。低氧，肺部感染，引發呼吸衰竭。