先天性智力障礙屬於遺傳性的疾病，基因缺陷是主要病因。基因缺陷可以導致大腦發育不全，患兒出生後可以表現為先天愚型。產前的傷害比如宮內感染、射線輻射、營養不良也會影響胎兒神經系統的發育，出現智力的障礙。分娩時發生早產、缺氧、顱內出血都會影響大腦的發育。先天智力障礙後天很難治療，此病只能預防。產前檢查如基因和染色體檢測可以發現預防基因或染色體異常導致的先天智力障礙。