小兒感染性心內膜炎常常會影響到腎臟，使腎臟受到損害，小兒感染性心內膜炎可以形成微型的或者大型的栓子，通過血液循環可以導致腎臟血管栓塞，造成腎梗死，小兒感染性心內膜炎還可以引起身體免疫異常，從而可能會引起免疫性腎炎，小孩一旦得了感染性心內膜炎，需要早期足量使用敏感的抗生素來抗菌治療，通過積極的治療，可以有效的預防腎臟的損害。