新生兒腦發育不良的治療，首先，在急性發作時，應給予相應的對症處理。如出現吸吮困難、覓食反射差、驚厥、腦水腫，甚至呼吸困難、呼吸暫停等症時，應予營養支持、控制驚厥、脫水降顱內壓、供氧、甚至機械通氣輔助呼吸等治療；其次，當患兒病情逐漸趨於穩定，可給予營養腦神經促進神經細胞的生長、發育，促進中樞神經系統損傷的功能修復。