若腦發育不良長期沒有得到及時治療，長大後可能會出現智力發育低、各項升級指標發育不完全等不良後遺症；病情較嚴重的患者還可能會對日後的生活質量造成影響。病情較輕微的可以在醫生指導下使用抗癲癇藥物來做治療；若出現共濟失調，還可以由醫生指導使用B族維生素、三磷酸腺苷等藥物來幫助治療；而對於面部及其他骨骼存在畸形的患者可以做矯形術等。