高熱驚厥以後，有極少數患兒會留有後遺症。可能是因為抽搐發作時間過長或者是反覆驚厥發作造成了腦缺氧，或者是有窒息的因素存在。患兒反覆高熱驚厥超過三次或者出現無熱驚厥，那麼，可以造成癲癇的後遺症，主要的表現就是抽搐反覆多次發作。極少數患兒高熱驚厥後，出現另外的後遺症就是出現肢體運動功能障礙或者是智力水平下降。