狹顱症的手術後遺症主要與狹顱症造成腦功能障礙有關。狹顱症一般是由於顱縫早閉，導致顱腔狹窄，引起腦組織發育受限，可出現腦功能障礙等症狀，外觀可以看到頭顱外形呈現船狀。狹顱症主要是對早閉的顱縫進行切開，擴大顱腔空間，為大腦發育提供充分空間，因此手術後可出現顱骨缺損，需要在適合時間進行修補，同時要注意保護顱骨缺損區，防止受傷引起顱內損傷出血等。一般後遺症取決於腦功能障礙後可能出現的症狀，可隨著大腦的發育得到改善。