尿道下裂是指尿道沒有開口在陰莖頭，而是開口在會陰部到陰莖頭的之間前尿道的路徑上。在胚胎期尿道溝的閉合是從近端向遠端進行的，就像拉鍊一樣。如果因為各種原因比如激素分泌異常，導致尿道溝的閉合沒有全部完成，尿道外口就停留在會陰部到陰莖頭之間的某個位置上，就形成尿道下裂。尿道外口可以停止在閉合徑路上的任何位置，但以靠近陰莖頭的陰莖海綿體部最為常見。