金匱腎氣丸在臨床的應用週期至少為三個月，金匱腎氣丸可以溫補腎陽、化氣行水，用於腎虛水腫、腰膝痠軟、小便不利、畏寒肢冷，因此用於多種疾病的治療，如前列腺增生、神經源性膀胱、弱精症、糖尿病以及勃起功能障礙等。在泌尿外科金匱腎氣丸是治療腎陽虛證的經典方藥，主治虛勞腰痛、少腹拘急、小便不利。臨床研究表明精虧腎氣丸在泌尿外科可以改善患者的尿頻、尿急及夜尿增多等症狀，並且具有抗利尿及抗衰老和改善夜尿次數的作用。同時金匱腎氣丸可以顯著提高中老年男性雄激素缺乏綜合徵患者的勃起功能狀況，從而達到改善勃起功能的目的。