精子畸形率過高會導致男性不育，因此，應當積極預防和治療。首先，要消除不良生活方式和環境帶來的影響，像是戒菸戒酒，避免近期接觸放射線、輻射、有毒有汙染的環境，避免服用激素或某些化學藥品。其次，應當針對病因進行治療。比如預防和治療生殖道感染、內分泌治療、精索靜脈曲張的治療。經過上述治療效果不理想的畸形精子症，可採用夫精授精或輔助生殖技術即試管嬰兒助孕。