生殖器皰疹的病程較長，而且經常會出現反覆發作，其治療需要一個很長的過程。主要從初步對症處理，抗病毒治療，防復發治療三個方面進行治療。一般可以內服阿昔洛韋，外塗3%的阿昔洛韋霜，連續使用7到10天進行治療，以上藥為處方藥，建議到當地正規公立醫院，生殖醫學科和皮膚性病科在專科醫生的指導下進行規範治療。注意放鬆心態，治療過程中注意保持局部清潔衛生，防止不潔性生活，性伴侶同時治療，忌食辛辣油膩食物，防止辛辣刺激，定期複查。