甲溝炎化膿是由局部細菌感染導致的化膿性炎症，建議內服、外用抗菌消炎的藥物治療。內服藥物可口服頭孢、青黴素類、大環內酯類、喹諾酮類抗菌素等治療，必要時可考慮靜脈輸注抗生素治療。
如果是局部比較輕的化膿，沒有破潰，局部可以外擦碘伏、夫西地酸乳膏、百多邦、匹得邦、美多信軟膏等抗菌消炎治療，還可使用魚石脂軟膏局部外敷，促進炎症吸收。
如果出現明顯的腫脹和波動感，中央發黃，可以到醫院，在嚴格無菌、消毒的條件下局部切開、排膿、引流、換藥。經過規律換藥以及內服、外用抗菌藥物治療後，甲溝炎多數能逐漸好轉、恢復。