囊腫性痤瘡在外用藥膏方面，主要還是使用一些抗菌消炎的藥膏，常見的包括過氧苯甲酰凝膠、夫西地酸乳膏、莫匹羅星軟膏、克林黴素凝膠等等。有時候也可以使用魚石脂軟膏或龍珠軟膏局部外塗、敷藥，可能對囊腫性痤瘡有一定的消退、促進作用。
囊腫性痤瘡屬於炎症比較深的痤瘡類型，單靠外用藥物可能效果有限，所以必要的時候應該配合內服藥物治療，這樣才能取得較好的效果。一方面是可以內服異維A酸，可以促進局部囊腫內容物的吸收，減少油脂分泌。另一方面可以內服抗菌藥物，比如米諾環素、多西環素，減輕局部的炎症反應。囊腫性痤瘡比較頑固的，還可以考慮向皮損內注射小劑量的糖皮質激素以及抗菌素，這可以促進其快速消退。