維A酸乳膏治療扁平疣的用法並不複雜，主要是在每天晚上局部塗抹維A酸乳膏在疣體表面就可以了。因為維A酸乳膏有一定的光敏性，所以不建議白天使用，一般都是晚上使用。另外在初期使用的時候可能局部有一定的刺激作用，會出現局部的發紅、脫屑、刺癢等等，通常可以耐受，而且過幾天可以逐漸好轉，不用過於擔心。
但維A酸乳膏主要是能夠調節局部異常的皮膚角化，直接的抗病毒作用並不是很強，所以單用維A酸乳膏來治療扁平疣可能效果並不好，建議可以配合使用像咪喹莫特霜、干擾素、酞丁安霜等抗病毒藥物一起使用，這樣治療扁平疣可能效果會更好。另外也可以考慮使用物理療法，比如激光、冷凍等方法來聯合治療扁平疣，往往會取得更滿意的效果。