激光治療扁平疣的後遺症主要是局部出現紅腫。如果患者護理不當，局部還容易出現感染，或者會留下疤痕。如果激光治療的面過淺，還存在復發的可能。
激光治療扁平疣後，短時間內傷口避免接觸沾水，以免接觸不潔的水導致傷口部位出現感染。
如果術後局部出現感染的症狀，患者需要及時進行局部的清創處理，配合口服抗感染類藥物進行預防性治療。