扁平苔蘚的藥物治療一般主要根據該種疾病所表現的狀態而定，如果瘙癢比較明顯，需要口服抗組胺藥物進行止癢。如果局部增生比較明顯，可以口服一定的糖皮質激素，比如醋酸潑尼松片或者地塞米松片等。
如果扁平苔蘚比較頑固，可以適當配合口服免疫調節劑，比如雷公藤多甙片等。在治療期間還要避免抓撓患病處，否則會引起局部感染。平時還要避免吃辛辣、刺激性食物，在恢復期間還要儘量避免陽光照射，可以促進恢復。