傳染性軟疣在臨床上治療非常簡單，多采用擠疣療法，用眼科鑷子把軟疣小體去除，再塗點抗菌藥物，還可採用冷凍方法、刮疣的方法。如中國傳統醫學用火針的方法，清除軟疣小體，容易治好。配合外用藥，如維甲酸乳膏，甚至中藥製劑，免疫調節劑，均可治療。