房室間隔缺損手術相比普通手術來說是比較複雜的，開胸手術又比介入手術複雜，具體複雜程度還需根據患兒實際情況。開胸手術需要建立體外循環，即代替心臟完成對其他器官組織的血流灌注，可用低溫麻醉、臨時血管橋、左心轉流等方法維持血液供應。手術還需切開右心房或者右心室，根據缺損大小選擇直接縫合或使用補片材料修補。如果是原發孔型，應先修復二尖瓣裂缺，再用補片修補房室間隔缺損。