小兒腎母細胞瘤起源於腎小管上皮細胞，此病具體病因目前還沒有完全明確，一般認為和遺傳因素有一定關係，從臨床案例來看，如果直系親屬有存在腎母細胞瘤，那麼孩子出現的概率就會增大，說明病因和遺傳是有一定的關係的。還有一部分的小兒腎母細胞瘤，是因為某些原因導致在胚胎階段，胎兒體內腫瘤抑制基因WT1和WT2就出現缺失導致的。