對於真菌性的鼻竇炎，一般需要進行手術治療，尤其是急性侵襲性真菌性鼻竇炎，一經確診要儘早手術，手術要將鼻腔、鼻竇內的真菌、病原體，以及病變組織全部切除，建立鼻竇的引流。
對一些情況不嚴重的真菌性鼻竇炎，如真菌球性鼻竇炎、變應性真菌性鼻竇炎，以及慢性侵襲性真菌鼻竇炎，可以通過鼻內窺鏡下手術清理病變組織，建立鼻竇通暢。同時還要進行藥物的輔助治療，尤其是對於急性侵襲性真菌性鼻竇炎，要給予抗真菌的藥物進行治療。