複發性口腔潰瘍病因比較複雜，存在明顯的個體差異，研究報道的發病因素甚多，目前尚未統一，推測和以下因素有關：
一、免疫因素，認為有一些人細胞免疫、體液免疫異常，或者是自身免疫性疾病。
二、遺傳因素，有單基因遺傳，也有多基因遺傳，普遍認為它的發病有遺傳傾向。
三、系統性疾病，有的人和胃潰瘍、十二指腸潰瘍、潰瘍性的結腸炎、侷限性的腸炎有關。
四、感染因素，它屬於感染性疾病，和L型鏈球菌有關。
五、環境因素，包括心理環境、生活環境都有一定的關係。
它的治療主要是局部消炎、止痛，防止繼發感染，可以應用膜類、軟膏、含漱劑，比如潰瘍膜或者是曲安西龍的軟膏，也可以外用西地碘片、西瓜霜、冰硼散等等。