沙眼的治療包括全身和眼局部藥物治療及對症的治療，局部抗生素治療，可選用1%的利福平眼藥水、1%的酞丁安眼藥水，或0.5%的新黴素眼藥水及紅黴素類、四環素類眼膏，療程最少10-12周。目前對感染性沙眼推薦治療的方法有兩種，一種是連續性治療，1%的四環素眼膏2次/日，共6周。另一種為間斷性治療，2次/日，每月連續5天，每年至少連續用藥6個月，或者1次/日，每月連續10天，每年至少連續用藥6個月。