先天性上瞼下垂只有通過手術矯正才能治療，該病需要根據疾病的嚴重程度及患兒年齡給予適當的手術方式。
一、藥物治療
本病無藥物治療。
二、手術治療
先天性上瞼下垂患者需依據其疾病程度確定手術時機。重度上瞼下垂必須及早手術矯正，以免對視覺發育造成影響；如果程度為輕、中度，雙眼程度相似，不遮蓋瞳孔，一般不會引起弱視，則可適當延遲手術時間，或等成年後在局麻下手術。由於提上瞼肌在出生後隨年齡增長還可以獲得部分發育，使其症狀減輕，因而儘量將手術安排在3~5歲後進行，手術前可以採取一些保守治療避免弱視發生。另外，如果考慮患兒的心理發育，輕、中度上瞼下垂也可適當將手術時間提前。
三、其他治療
康復訓練：適用於不適合手術的患者，如合併眼球上轉肌麻痺，患兒閉眼時眼球不能上轉(Bell現象不存在)時，術後易發生暴露性角膜炎患者。進行眼球運動矯正訓練或眼肌力訓練幫助患者恢復。