生理性飛蚊症治療最有效的方法是用激光手術治療，手術名稱叫激光玻璃體消融術，它是將眼內的混濁物逐個激散，混濁密度降低，在眼前就看不到飄動的黑影，可能是蚊子或者是線條，可以完全消退，一般治療2-3次就可以解決這個問題。
生理性的飛蚊症的絕大部分人無需治療，一般觀察即可。如果有一些症狀需要治療，也可以用胺碘肽滴眼液，或者卵磷脂絡合碘膠囊，口服藥物來試驗性的治療，有部分人群也有一定的效果。如果感覺生理性的飛蚊症對生活已經造成了極大的影響，不消除掉就無法正常生活，這個時候才建議行激光玻璃體消融術。