韋格納肉芽腫性鞏膜炎一般需要長期間歇性治療。一般通過藥物治療，嚴重時需要通過手術治療。
一、藥物治療
1、潑尼松+環磷酰胺：首選方法為糖皮質激素和細胞毒性免疫抑制劑的聯合應用，尤其不能遺漏免疫抑制劑的應用，因為單用糖皮質激素可發生不可逆轉的器官功能不良，對本病最有效的細胞毒性免疫抑制劑是環磷酰胺，常用的糖皮質激素為潑尼松。
2、局部用藥：局部用1%環孢素滴眼液或眼膏，同時滴用糖皮質激素，為了防止組織的自溶和感染，配合應用3%半胱氨酸滴眼液和抗生素滴眼液。
3、其他藥物：使用糖皮質激素和細胞毒性免疫抑制劑治療效果不佳時，可選用甲氨蝶呤、環孢素、硫唑嘌呤等。
二、手術治療
壞死性前鞏膜炎有穿孔傾向或已穿孔時可行鞏膜加固術。伴發邊緣性潰瘍性角膜炎可採用冷凍的眼組織移植。