骨髓水腫的治療，主要針對導致骨髓水腫產生的原因進行治療，常見的可能導致骨髓水腫的疾病，包括急性以及慢性的化膿性骨髓炎，以及骨骼創傷所導致的骨髓水腫。對於急性化膿性骨髓炎，其治療主要分為全身支持療法、抗生素治療，以及手術治療、肢體的制動等。所謂的抗生素治療，主要是根據細菌培養以及藥敏試驗的結果，進行抗感染治療。提高全身的免疫力，通過飲食或者輸新鮮的血液、白蛋白來提高免疫力。另外如果保守治療無效，可能要進行局部的手術治療，也就是進行骨骼的開窗病灶清除手術。慢性骨髓炎的治療與急性骨髓炎的治療類似，症狀嚴重時也需要進行手術治療。骨骼的外傷也會導致骨髓水腫，其治療主要是以休息、理療、按摩、支具固定等為主。