自身免疫性肝炎的診斷標準目前主要通過診斷積分系統進行，診斷積分系統內的項目主要包含血液裡部分自身免疫性抗體的檢測結果，以及肝臟進行穿刺的組織病理學結果進行綜合評分。如果綜合評分超過了一定數值，有可能是自身免疫性肝炎的診斷，包括血清學檢查裡面的抗核抗體或抗平滑肌抗體數值、血清免疫球蛋白IgG數值，還有就是抗可溶性肝抗原抗體、抗肝腎微粒體抗體、抗Ⅰ型肝細胞溶質抗原抗體等。
此外，包括血清免疫球蛋白IgG升高的數值，升高程度所積的評分也不太一樣。而根據肝組織學病理的表現，如果肝組織病理學符合自身免疫性肝炎，也有加分項目。若肝組織學表現為界面性肝炎，或者有一些特異性自身免疫性肝炎的表現，最終要進行排除，包括乙肝、丙肝等引起肝炎的可能性。綜合上述因素進行評分，並進一步確定是否有自身免疫性肝炎的可能性。