新生兒房室傳導阻滯的治療應根據患者的病情程度，採取相應的治療措施，輕度的房室傳導阻滯一般無需治療，重度的房室傳導阻滯需要長期進行相關治療，主要包括去除誘因、積極治療原發病，還需應用阿托品、異丙腎上腺素、氫化可的松等藥物進行治療和人工起搏治療等。
一、一般治療
1、去除誘因：瞭解存在的誘因並及時消除，如停服洋地黃、奎尼丁、氯喹、普魯卡因等等。
2、原發病的治療：如有先天性心臟病或病毒性心肌炎，應積極治療，避免發生房室傳導阻滯。
二、藥物治療
1、阿托品：是一種受體激動劑，能提高心室率，加快傳導。治療原則是早期、足量、聯合、重複用藥。根據有無異常分泌、體溫及脈搏調整阿托品用量，直到臨床症狀明顯好轉或出現阿托品化。
2、異丙腎上腺素：有強大的心臟β受體興奮作用，使心肌收縮力增強、心率加快和傳導加速，與腎上腺素比較，對起搏點的作用更強，不易誘發心律失常。
3、氫化可的松：針對感染性或病毒性心肌炎，可用氫化可的松靜脈滴注，以消除傳導神經的炎症反應，促進傳導的速度。
三、手術治療
人工起搏治療：如果患者症狀較重，藥物治療效果不佳時，應考慮採用心臟起搏。傳導阻滯導致血液動力學障礙，引起有症狀的心動過緩且病因不可逆者，應給予永久性起搏治療。