新生兒房室傳導阻滯多因母親患有免疫性疾病或患兒發生各種心肌炎性病變所致，還可以因某些藥物導致，偶爾也可見於正常人，與迷走神經張力增高有關，好發於母親患有自身免疫性疾病的新生兒、心肌炎的患兒，無特殊誘發因素。
1、母親患有免疫性疾病：如果母親在孕期患有結締組織病，血清中的抗體通過胎盤會與胎兒的心臟系統發生反應，導致患兒的心臟系統發育異常，出現先天性新生兒房室傳導阻滯。
2、心肌炎性病變：以病毒性心肌炎最為多見，病毒侵犯心臟傳導系統，會發生房室傳導阻滯。
3、藥物因素：母親服用某些藥物也可影響胎兒心臟傳導系統，出現新生兒房室傳導阻滯，如洋地黃、奎尼丁、氯喹、普魯卡因等。
4、其他：迷走神經張力增高、缺氧、電解質紊亂等非疾病因素也可影響心臟傳導系統，導致新生兒房室傳導阻滯的發生。