患有梗阻性肥厚型心肌病，首選的治療藥物為β受體阻滯劑，如美託洛爾，比索洛爾等，使用該類藥物可減慢心率，增加心臟容量，有助於改善患者的症狀，但是不能改善本病的預後，因為這類藥沒有直接消除肥厚室間隔的作用。如果患者不能耐受這類藥，可以選擇非二氫吡啶類藥，如維拉帕米，地爾硫卓等，由於這兩類藥都可以減慢心率，降低心肌收縮力，所以不建議聯合應用。除了藥物治療外，患者還可以進行室間隔化學消融及起搏器治療。