流行性乙型腦炎早期診斷的實驗室檢查項目很多，也很複雜，簡單的說流行性乙型腦炎早期可以查血象，白血球總數提高，中性可達80%左右。
還可以做腦脊液的檢查，腦脊液壓力高，出現微微混濁現象，裡邊白血球也很高。還可以做血清學的檢查，血清學檢查裡面的IgM抗體是升高的，補體結合，抗體IgG也會升高。還可以做病毒學的檢查，檢查病毒分離，核酸檢查等。總之實驗室的檢查很多，白細胞、血清學的檢查、腦脊液的檢查等，可以作為早期診斷的依據，這些實驗室都可以做檢查，有助於早期的診斷。診斷明確以後，可以進行很好的規範的治療，預後應該是好的。