小腦萎縮、腦血栓的藥物治療，首先要針對病因進行，具體如下：
1、抗血小板聚集藥物，如阿司匹林、氯吡格雷；
2、穩定斑塊藥物，如阿託伐他汀、瑞舒伐他汀，可以改善血液循環；
3、控制好血壓、血糖、血脂的藥物，應在醫生指導下選用；
4、對症治療的藥物，如改善腦功能的胞磷膽鹼、雙益平、吡拉西坦、奧拉西坦等，如營養神經的藥物，甲鈷胺、維生素B1、輔酶Q10等，可以穩定神經功能。