治療植物神經功能紊亂要明確病因，臨床上最常見的是因為焦慮或抑鬱導致長期失眠，最終導致植物神經功能紊亂。針對這種情況要抗焦慮和抗抑鬱治療，建議患者到綜合性醫院的睡眠科進行規範化的焦慮、抑鬱量表評估，在醫生指導下服用抗焦慮和抗抑鬱藥物。另外還有一些特殊年齡段的群體也容易患植物神經功能紊亂，最典型的代表是處於更年期的女性，群建議到婦科門診就診，針對更年期進行治療，從而改善植物神經功能紊亂的症狀。