由於病毒對腦實質的腦細胞的破壞作用，會出現嚴重的症狀，輕的是頭疼、發燒、頭暈、噁心、嘔吐，重的可以出現意識障礙、昏迷、死亡。經過搶救治療之後，可能或多或少有後遺症存留下來。
病毒性腦炎最嚴重的情況是對人的認知功能有所損傷，得完這個病之後，人變傻了，這是最大的症狀。可能還會遺留其他的言語功能障礙，有偏癱、偏身感覺障礙，或者是出現癲癇發作等現象。