腦神經痛是一大類疾病，包括常見的原發性頭痛，比如偏頭痛、緊張型頭痛或叢集性頭痛，還包括三叉神經痛、舌咽神經痛和枕神經痛等等。腦神經痛的誘因常包括過度的勞累、熬夜、情緒的緊張，以及大量的飲酒、吃巧克力等等食物。
臨床還有可能是由於血管的舒縮功能異常，或者5-羥色胺受體神經遞質的紊亂引起，個別與遺傳因素有關。另外緊張型頭痛主要是由於頭部周圍的肌肉筋膜受到了炎性因子的刺激導致，而叢集性頭痛與下丘腦神經功能紊亂是相關的。這些疼痛的共同特點是頭部影像學平掃，一般見不到明顯的異常。