腦囊蟲病是否能治好取決於囊蟲的數量、大小、感染的部位，以及所採取的治療方法。如果囊蟲數量少、比較小，症狀相對輕微，給予積極的抗囊蟲的治療有可能治好。如果囊蟲的數量非常多、非常大，甚至感染在非常重要的部位，比如在第三腦室、第四腦室內的包囊，可以阻斷腦脊液的循環導致阻塞性腦積水，可能會導致出現死亡的情況。由於包囊破裂、囊蟲死亡導致強烈的腦膜刺激徵或交通性腦積水，從而導致腦膜粘連，可能預後就比較差。如果出現各種原因的腦積水或包囊比較大的情況，炎症反應比較重，腦水腫比較明顯，應該積極的給予脫水及降顱壓的治療，甚至可以給予少量的激素，或者針對單個病灶進行手術切除治療。