腔隙性腦梗死急性期可以考慮使用阿替普酶進行溶栓，後續使用丁苯酞、依達拉奉等藥物進行腦保護，並且使用控制血壓、血糖、血脂的藥物，如阿司匹林腸溶片、阿託伐他汀等藥物對症支持治療。
非急性期的腔隙性腦梗患者如果有基礎疾病，需要用上述藥物治療基礎疾病和預防腦梗治療。如果患者沒有高血壓、糖尿病、高血脂等基礎疾病疾病，可以不用藥物，需要調整心態、生活習慣、飲食習慣，以及戒菸、戒酒、適當運動。