細菌性痢疾最主要的治療就是針對痢疾桿菌應用抗菌藥物，首選喹諾酮類的藥物，可以應用左氧氟沙星或者環丙沙星、諾氟沙星。如果不能服用喹諾酮類的藥物，比如兒童也可以應用頭孢類的藥物，選擇三代頭孢效果比較好，可以口服頭孢地尼、頭孢克肟。對於比較嚴重的中毒性菌痢，患者不能夠口服藥物，可以應用靜脈的藥物，可以採用靜脈的左氧氟沙星、環丙沙星，或者靜脈的頭孢三代藥物。
除了抗菌藥物以外，一還要採用對症的處理。如果患者有高熱，可以應用常用的退熱藥物，比如對乙酰氨基酚或者布洛芬，但是要注意補液，因為對於腸道的疾病患者，因為吐瀉相對來說比較多，在服用退熱藥要注意大汗的問題，所以要注意及時補液，補液也可以選擇口服補液鹽，可以補充液體，另外也可以補充電解質，防止電解質紊亂。如果嚴重的患者，有嚴重的毒痢，比如有感染中毒性休克，還要糾正休克。