支原體肺炎首選藥物是紅黴素類抗菌藥物，例如紅黴素片、阿奇黴素、羅紅黴素、克拉黴素。同時根據患者具體症狀，配合應用止咳化痰藥物，例如肺寧顆粒、十味龍膽花，配合清熱解毒藥物，例如熱毒寧、炎琥寧。至少用藥兩週時間，然後需要複查支原體，化驗數值恢復正常後，才可以停用抗菌藥物，如果過早停藥，容易造成病情反覆發作。