甲減治療最主要的藥是左甲狀腺素鈉替代治療，甲狀腺功能減退是由於各種原因造成甲狀腺組織受到破壞和損傷，甲狀腺合成分泌甲狀腺激素不能滿足身體的需要。替代的目標就是讓甲減的症狀完全消失，甲狀腺激素的水平復查以後恢復正常。使用方法非常簡單，左甲狀腺素鈉它的結構和我們自己的甲狀腺素完全一樣，而且半衰期比較長，在體內濃度比較穩定，非常適合替代治療，但是服用的時間和方法有要求，在早晨空腹和其他的食物、藥物間隔半小時以上，另外要定期的複查。
如果是一過性的甲狀腺功能減退，可能在甲減期間進行相應的替代治療，但隨著原發病，像亞急性甲狀腺炎引起的一過性甲減，或產後甲狀腺炎引起的甲狀腺功能減退，隨著疾病的好轉可以停用藥物。但對絕大部分的甲狀腺功能減退患者，比如自身免疫性炎症，像橋本氏甲狀腺炎，需要長期的使用藥物，患者不能隨意的減藥或停藥。