甲狀腺炎根據不同的炎症類型，所服用的藥物有一定的差異。通常橋本甲狀腺炎在甲減時期應及時的補充甲狀腺激素。針對於亞急性甲狀腺炎，建議注意臨床觀察，是屬於自限性疾病，嚴重期可以服用解熱鎮痛抗炎藥。產後出現的甲狀腺炎也屬於自身免疫性甲狀腺病變，隨著孕婦身體狀況的恢復可能會好轉。化膿性甲狀腺炎嚴重者需要抗菌素或手術治療。