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大部分的甲狀腺乳頭狀癌患者，在手術以後並不會明顯的影響壽命，能夠達到和普通人一樣的生存時間。在甲狀腺乳頭狀癌的患者中，大部分患者預後良好。甲狀腺癌本身是一種發展緩慢的懶癌，在手術以後又進一步進行了切除，將癌組織清除掉，這樣在復發的幾率方面就會更加減少，能夠延長生存週期。
甲狀腺乳頭狀癌手術後會復發，雖然甲狀腺乳頭狀癌的惡性程度比較低，治癒率很高，在90%以上，但是還有10%的復發概率，所以甲狀腺乳頭狀癌手術後會復發，但是復發的概率比較小。即使復發，它的增長速度比較緩慢，並不是很快的復發轉移。
甲狀腺乳頭狀癌也是癌，在所有甲狀腺惡性腫瘤當中發病率最高。有些人說它不算癌，是因為這是一種治療效果很好的癌症，通過手術做根治性切除，如果有頸部淋巴結轉移等情況，可以配合核素碘-131治療，大部分5年生存率可以達到90%以上，也就是治療效果很好，超過5年沒有復發的，算是臨床治癒。
甲狀腺囊腫遷延的時間長，周圍有壓迫的時候可以產生鈣化，一般不嚴重。出現鈣化時提示進行跟蹤、觀察，每3個月定期複查超聲以及甲功的指標，即甲狀腺囊腫鈣化之後需觀察是否有變化，如囊腫的邊緣是否清晰，有沒有模糊的改變、鈣化是否固定、大小不變、是否仍然呈現良性。
甲狀腺囊腫需要檢查甲功五項。甲狀腺囊腫形成以後，也會破壞部分甲狀腺濾泡，濾泡上皮細胞儲存甲狀腺激素也會受到破壞。但是部分人群可能破壞部分濾泡，其它甲狀腺濾泡上皮細胞依然能夠合成人體所需要甲狀腺激素，能夠對機體產生代償作用，對身體沒有太多影響。