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小兒迴腸畸形均屬於先天性結構發育異常，多采取手術治療。治療之前首先需要確診，依據患兒的臨床表現選擇合適的手術時機以及手術方式。先天性腸閉鎖通常可以產前初步診斷，產後一經確診，需立即手術治療，預後良好；腸重複畸形產生腹部腫塊，主要以手術切除為主，引流手術僅能緩解症狀；Meckel憩室出血量較大需要立即憩室切除。
目前認為迴腸結構畸形與遺傳因素相關性較小，僅為偶然性的局部發育異常所致，因此，難以進行針對性預防。隨著圍產醫學的不斷發展，越來越多的疾病可以做到提早發現。先天性腸閉鎖和腸重複畸形均可在產前得到診斷，產後再對患兒進行相應的檢查，早確診、早治療，對於患兒的康復均起到積極作用。因此，建議產婦全面孕檢，對於迴腸畸形及早治療。
單純的小腸重複畸形治癒率接近百分之百。需要特別注意的是手術的時機，對於急性壓迫或者腸扭轉導致的腸梗阻，需立即手術；對於輕微壓迫導致的腹部不適、疼痛、消化不良，可以進行限期手術，即選擇合適的時機進行手術；對於腸重複畸形導致的消化道出血，出血量較大建議 及早手術，出血量較小建議先改善患兒身體狀況再進行手術。
小腸重複畸形具有不同的類型，並引起不同程度的臨床表現，但臨床上均建議進行手術治療。最佳手術治療時期需要依據患者的具體情況具體分析，對於具有腸梗阻和消化道出血癥狀的患者，即使尚未完全確診，均建議及早進行手術治療；對於症狀較輕，無法完全確診為腸重複畸形 的患者，需通過各種檢查方式及早確診，並選擇合適的時間進行手術。