吃緊急避孕藥，多數情況下不會導致多囊卵巢綜合徵發生，但如果頻繁使用緊急避孕藥，或受個人體質影響，可能會導致該疾病發生。研究發現，反覆多次使用緊急避孕藥，可能會使女性之後患有多囊卵巢綜合徵。緊急避孕藥含高效孕激素，通過干擾受精卵著床，改變子宮內膜接受胚胎的狀態，從而起到緊急避孕作用。

緊急避孕藥服用後，會干擾體內激素水平，出現孕激素一過性上升又急速下降，可能會干擾正常月經週期，出現月經紊亂，還可能會干擾正常內分泌而出現內分泌紊亂。如果自身較敏感，或使用緊急避孕藥的頻率過於頻繁，以及自身有易發因素，如因遺傳因素而有發生多囊卵巢綜合徵的高風險，或本身超重或肥胖，加上自身有該病的易感性，可能在使用緊急避孕藥次數過多後，患有多囊卵巢綜合徵。