特應性皮炎的治療包括基礎潤膚劑、外用藥物以及系統用藥，醫生一般會按照輕度、中度、重度進行階梯治療。對於重度特應性皮炎患者，首先建議住院治療。除外用藥以外，可能需要系統應用副作用較大的藥物，如環孢素、甲氨蝶呤等免疫抑制劑，對於嚴重的頑固性皮損還需系統應用糖皮質激素進行控制。目前一些新藥，如抗白介素-4、白介素-13的度普利尤單抗等也可適當應用。

對於重度特應性皮炎，在選擇外用藥物時，醫生會選擇強度高的藥物。對於急性泛發嚴重皮損，甚至會選擇短期溼包治療。溼包治療是在外用藥物及潤膚基礎上溼敷加包裹，即使用內層溼潤、外層乾燥的雙層管狀繃帶或者棉布或者紗布進行封包治療，一天兩次，連用兩天到兩週。溼敷可以在患處保留2小時左右或者更長時間，觀察患者的耐受程度。

此外，本病的患者需系統應用免疫抑制劑或糖皮質激素。對於兒童，醫生會謹慎選擇免疫抑制劑，儘量不用或者少用環孢素、激素。對於重度特應性皮炎患兒，會反覆評估對患兒的影響。目前最新治療為生物製劑，抗白介素-4和白介素-13的度普利尤單抗，治療效果較好，而且副作用相對小。在國外適用於6歲以上重度、中重度特應性皮炎患者，國內目前僅適用於18歲以上的成人。