腸道菌群可以自我調節，腸道內有成千上萬、各種各樣的菌，複雜多樣菌群的調節能力較好，即便是環境變化、飲食變化，會暫時影響到某些菌群的生存條件，對整個菌群的大環境而言，通過自身調節，即可較快恢復正常。腸道菌群是較為穩定的生態系統，少數情況下才會出現致病性紊亂。

常見造成疾病的腸道菌群紊亂是抗生素相關性腹瀉，大量應用抗生素會殺滅致病菌，但是也會殺滅腸道內正常存在的細菌，進而導致腸道菌群紊亂，引起頑固性腹瀉，這種情況常見於重症感染患者。