腸鏡檢查所需時間與醫生技術水平、患者腸特性有關。部分患者的腸遊離度大、腸相對較長而且部分彎角不同。

在患者腸彎角大、醫生又拉不直的情況下，此時檢查時間較長。通常水平高的醫生在1-5分鐘能進到底部。進去的時間越快越好，退出時間要＞6-8分鐘，所以做腸鏡最快需要8-10分鐘。水平差的醫生檢查時間較長，如果患者腸特殊，時間會更長。