膠囊腸鏡的缺點具體如下：

1、膠囊腸鏡檢查不是人為拍照，而是定點定時拍照。常規胃腸鏡要打氣，將胃腸道撐開，可以更清楚觀察。而膠囊腸鏡檢查無法打氣，因此容易將一些病變掩蓋；

2、發現病灶時無法活檢，即看到病灶但是不知道病變性質，此時膠囊已經通過病灶區，沒有辦法活檢；

3、如果小腸不通暢，甚至有憩室時，膠囊鏡排不出要人為取出。